關于下一步工作重點，陳吉寧在報告中表示，“十三五”期間，將圍繞“五位一體”總體布局和“四個全面”戰略布局，牢固樹立和貫徹落實創新、協調、綠色、開放、共享的新發展理念，以改善環境質量為核心，以解決生態環境領域突出問題為重點，以生態文明體制改革為動力，實行最嚴格的環境保護制度，打好大氣、水、土壤污染防治“三大戰役”，推進主要污染物減排，嚴密防控環境風險，不斷提高環境管理系統化、科學化、法治化、精細化和信息化水平，實現環境質量總體改善。
2016年環境保護工作的主要目標是：全國地級及以上城市空氣質量優良天數比例達到77%，未達標城市細顆粒物濃度下降3%；地表水達到或好于Ⅲ類水體比例達66.5%，劣Ⅴ類比例控制在9.2%以內；化學需氧量、氨氮、二氧化硫、氮氧化物排放量分別下降2%、2%、3%、3%。將重點抓好以下工作：
一是堅決打好“三大戰役”。持續實施《大氣十條》。在重點區域實行大氣污染聯防聯控。落實冬季大氣污染防治強化措施，加強重污染天氣應對，突出抓好京津冀特別是北京等重點區域大氣治理。
全面落實《水十條》。出臺考核實施細則等配套政策措施。加強流域水環境綜合治理。建立水環境質量預警制度，對各地水環境質量狀況進行排名。定期公布黑臭水體整治情況。
出臺實施《土十條》。啟動全國土壤污染狀況詳查，以農用地和建設用地為重點，實行分級分類管控。健全土壤污染防治相關標準和技術規范，推進治理與修復試點示范。
二是深入推進各項改革。全面開展環境保護督察。加快環境監測全面設點和全國聯網。推進國家環境質量監測事權上收。開展省以下環保機構監測監察執法垂直管理、按流域設置環境監管和行政執法機構試點。改革和完善主要污染物總量減排制度。完善污染物排放許可制。通過政府購買服務等方式，加大對環境污染第三方治理的支持力度。
三是加強環境法治保障。配合做好水污染防治法、環境保護稅法、土壤污染防治法、核安全法、草原法、野生動物保護法等法律制（修）訂。嚴格執行環境保護法、大氣污染防治法，堅持“督政”與“查企”并舉、“嚴打違法”與“規范執法”并重，提高環境執法效能。
四是健全環境預防體系。劃定并嚴守生態保護紅線。實施能耗、水耗總量和強度雙控，研究建立資源環境承載能力監測預警機制。繼續開展京津冀、長三角、珠三角等區域戰略環評，加強重點領域規劃環評，開展重點產業園區規劃環評“負面清單管理”試點。運用環保等多種手段，嚴格控制新增產能，有序退出過剩產能。
五是加大生態和農村環境保護力度。健全生態保護補償機制，在重點生態功能區實行產業準入負面清單制度。對各類破壞生態環境的違法行為扭住不放、一抓到底，指導督促地方對生態環境領域存在的突出問題徹底整改。深入推進農村環境連片整治，加強農村面源污染治理和秸稈綜合利用，著力改善農村人居環境。
六是夯實環境科技基礎，發展綠色環保產業。完善環境標準和技術政策體系，擴大綠色環保標準覆蓋面。完善環保產業發展扶持政策，加快推廣新技術、新裝備、新產品，加大建筑節能改造力度，加快傳統制造業綠色改造。
七是有效防控環境風險。強化重污染天氣、飲用水污染、有毒有害氣體釋放等關系公眾健康的重點領域風險預警與管控。加強化學物質和危險廢物環境管理，強化尾礦庫環境風險管理。嚴格核與輻射安全監管。督促存在重大環境風險企業開展隱患排查治理，健全生態環境事件應急網絡，做好突發環境事件處置應對。
